Il ressort de plusieurs méta-analyses qui ont comparé les effets, sur l'apprentissage de la lecture, d'un enseignement systématique des relations graphophonologiques par rapport à un enseignement non systémique, ou mineur, de ces relations que les méthodes du premier type sont les plus efficaces. Elles ont des effets positifs sur l'apprentissage des capacités de lecture de bas niveau (lecture de mots) et de haut niveau (compréhension) qui sont plus forts lorsqu'elles sont introduites précocement (1re primaire ou avant) et qui persistent dans le temps. Elles sont bénéfiques pour les enfants ayant un développement typique ainsi que pour ceux à risque pour l'acquisition de la lecture (pour des raisons socio-économiques, par exemple) ou pour ceux souffrant de difficultés spécifiques de lecture (les dyslexiques). Par contre, elles n'ont qu'un impact limité sur les capacités de lecture de haut niveau chez les apprenants de langue seconde. Les résultats d'une autre méta-analyse indiquent que l'intégration d'activités d'analyse morphologique dans une méthode facilité également l'apprentissage de la lecture. Il n'y a que très peu d'études ayant pris compte les effets, sur l'apprentissage de la lecture en français, de différentes méthodes d'enseignement, certaines reproduisant les résultats observés en anglais, pas d'autres. Il est donc crucial de développer des études dans ce domaine dans cette langue.